本文以作者与藤野先生的交往（交往的缘起、交往的经过与别后的怀念）为叙事线索，围绕表现藤野先生的崇高品质这一中心组织材料。开头写东京（是作者往仙台见藤野先生的缘由），然后用设问句自然过渡。接着写初到仙台受到优待（衬托藤野先生），写与藤野先生的相识、相处、离别，最后写离开仙台后对藤野先生的怀念。除回忆藤野先生这条明线外，本文还有一条内在的暗线，这就是作者思想感情的变化。很多材料，如写东京清国留学生赏樱花、学跳舞，写赴仙台途中对日暮里和水户的深刻印象，写仙台医专日本“爱国青年”寻衅和看电影事件，写作者弃医从文，都是围绕这条内在的线索来组织的。因此，文章篇幅虽长，却脉络分明，材料虽多，却井然有序。
二、人物刻画抓住主要特征，突出精神性格
文中具体写了四件事，从不同的侧面表现了藤野先生的高贵品质：
１、主动关心“我”的学习，认真为“我”改讲义：
文中写道：“过了一星期，大约是星期六，他使助手来叫我了。”在很短的时间内，就关注“我”，并主动问“我”上课的“讲义”能否抄下来，要“我”拿出所抄的讲义给他看，而且，“此后每一星期要送给他看一回。”对“我”的讲义，“从头到末，都用红笔添改过了，不但增加了许多脱漏的地方，连文法的错误，也都一一订正。这样一直继续到教完了他所担任的功课……”这些事情表现了藤野先生自始至终认真负责的精神。
２、为“我”改正解剖图：
“还记得有一回藤野先生将我叫到他的研究室里去，翻出我那讲义上的一个图来，是下臂的血管，指着，向我和蔼的说道：‘你看，你将这条血管移了一点位置了。──自然，这样一移，的确比较的好看些，然而解剖图不是美术，实物是那么样的，我们没法改换它。现在我给你改好了，以后你要全照着黑板上那样的画。’”这里体现了藤野先生对学生的严格要求和循循善诱。在藤野先生亲切和蔼的谈话里，我们可以体会出他既尊重学生──“这样一移，的确比较的好看些，”也尊重科学──“然而，解剖图不是美术，实物是那么样的，我们没法改换它。”
３、关心解剖实习：
“解剖实习了大概一星期，他又叫我去了，很高兴地，仍用了极有抑扬的声调对我说道：‘我因为听说中国人是很敬重鬼的，所以很担心，怕你不肯解剖尸体。现在总算放心了，没有这回事。’”从这件事可以看出，藤野先生一直关心“我”的学习，一直惦记着“我”的解剖实习，“我”考试及格了，他很高兴，如释重负。
４、向“我”了解中国女人裹脚：
这件事表现了他对骨学的兴趣和求实精神。
除用具体事例来表现藤野先生的高尚品质外，作者还用白描手法来勾画人物的特征。如写藤野先生，写他的“黑瘦”“八字须”“缓慢而很有顿挫的声调”“戴着眼镜，挟着一叠大大小小的书”，衣着“模胡”，冬天穿旧外套，活画出一位生活俭朴、治学严谨的学者形象。又如写“清国留学生”，抓住了盘辫子这个细节，很能反映他们的精神特征。在清末，不少仁人志士剪辫子，表示与清王朝决裂，而这些留洋学生既要学时髦，又要表示忠于腐朽的清王朝，只好盘起辫子。作者用夸张的手法，揶揄的口吻，对他们进行似褒实贬的讽刺，揭示了这些留学生庸俗腐朽的思想本质，也浸透着作者对他们的厌恶之情。
三、语言富有浓厚的感情色彩
这篇文章写的是作者终生难忘的恩师，记的是震撼作者灵魂的典型事例，因此，不管是抒情议论的语言，还是写人记事的语言，都饱含感情。如怀念藤野先生，作者写道：“但不知怎地，我总还时时记起他，在我所认为我师的之中，他是最使我感激，给我鼓励的一个。”“他的性格，在我的眼里和心里是伟大的……”直接抒发感激敬仰之情。再如写“清国留学生”的丑态，写赴仙台途中深刻的印象，写匿名信事件和看电影事件，写告别藤野先生、弃医从文等，字里行间都充溢着作者忧国忧民的感情。
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