此外，我们对生物侵入的危害程度无法估计。因为外来生物侵入的危害不仅是取代当地物种，而且会有惊人的后果。让我们来看看蒙大拿FLATHEAD河流中细小糠虾引进事件。野生动物保护人员为了增加另一种引进的KOKANEE鲑的饵料数量，在1970年前后引进了糠虾。然而鲑鱼的习性是在表面捕食，糠虾只在晚上升到表面，鲑在晚上又看不见糠虾，反过来糠虾还吃掉了鲑鱼鱼苗依赖的浮游生物。结果鲑鱼数量下降，导致熊、捕食鸟和其他依赖鲑鱼的动物的灭绝，致使许多鹰饿死。
生物污染的危害远非如此，它对整个生态系统的平衡、人类社会的发展都潜藏着巨大的威胁。
威胁生物的多样性。山脉、沙漠和海流等作为自然边界将不同生态系统分隔开来。人类贸易、旅行和其他活动造成的生物污染破坏了这些自然边界的作用。外来生物威胁着本土物种，造成本土物种数量减少乃至灭绝。生物污染极大地威胁着生物的多样性。美国一项试验表明，新的基因工程植物将所含耐除草剂的基因传给杂草的速度比人们预期的要快得多。Bt植物不仅会杀死目标害虫，还会杀死一些益虫，而且威胁到这些昆虫的天敌。因此，对基因植物在批准进行大田种植前，必须进行大量的试验和严格的审定。
威胁人类的健康。各种途径造成外来病菌在全球的传播和流行。全球的艾滋病、英国的疯牛病、日本的“0157细菌”、香港的禽流感、台湾地区的肠病毒等都极大地威胁着人类的健康。美国近年来就采取了一系列措施来强化食品卫生管理，实施“危险分析和关键控制点”（HACCP）计划，1998年更投入4 300万美元用于食品安全的监测、研究与教育。
威胁经济的发展。外来病虫害的侵入会造成巨大的经济损失。在美国，外来害虫对森林的损失每年高达40亿美元。最近，美国发现光肩星天牛（Asian Longhorned Beetle）对一些树木造成破坏。美方认为是通过木质包装材料从中国传入的，拟对中国实施更严厉的措施，包括要求中方出口商提供有关部门出具的木质包装材料处理（加热、熏蒸等）证明。美方的新规定估计将影响到30%-50%的中国对美出口，对我国的经济也会产生不利影响。
尽管许多科学家和土地管理者对生物污染忧心忡忡，但却很少引起政策制定者的重视。最近，美国政府正在着手制定一项战略，以协调三十多个联邦机构应付外来生物的入侵。西欧一些发达国家也在积极寻求应对措施，这些措施主要包括以下几个方面：完善国际植物保护公约等相关国际条约，减少漏洞；切断外来生物的侵入通道；建立国际生物监控体系和数据库，克服侵害物种信息的零散；结束自然资源管理者对外来物种的引进，如牧区外来饲料植物、用作土壤保护的外来草种；提高人口整体生态意识，使人们了解当地自然风景的价值，抵抗外来生物的侵入。
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