得姓始祖：伯益。
颛顼帝有个孙女叫女修，她因吃燕子蛋而怀孕生下儿子大业。大业的儿子伯益因辅佐大禹治水有功，帝舜赐他嬴姓，并把本族姚姓子女嫁给他为妻。伯益的后人非子以善于畜牧而出名，他为周孝王养育良种马，深得孝王欢心，就封他在陇西秦亭(今甘肃张家川)为附庸国，让他恢复嬴姓，称为秦嬴。战国时，秦孝公任用商鞅变法，国力逐渐富强。公元前221年，秦王嬴政攻灭六国，统一天下，建立了中国历史上第一个封建王朝。公元前206年，秦朝灭亡，其王族子孙遂以国名为姓，称为秦姓。伯益从而也就成了秦姓的得姓始祖。
第一个渊源：源于赢姓，出自周孝王给伯益后裔非子的封地秦国，属于以国名为氏。
源于嬴姓的秦，是颛顼帝的后裔，以国名为氏。据《元和姓纂》与《史记》记载，传说颛顼有个叫女修的孙女，成天快快乐乐，自由自在。有一次她去野外玩，捡到一只燕子蛋，毫不犹豫就吃了下去，结果怀孕生下儿子皋陶(即大业)。皋陶后来娶了少典氏的女华为妻，生下了伯益(即大费)。帝舜因为伯益辅佐大禹治水有功，赐他姓嬴，同时还把自己本族姚姓的女子嫁给他做妻子。姚女生下了两个儿子，小儿子若木是费姓的祖先。大儿子名叫大廉，因办继承了父亲调驯鸟兽的技业，所以又称鸟俗氏。鸟俗氏兢兢业业干活，受到商帝太戊的赏识，被封为诸侯。商纣王时，鸟俗氏有一个后人叫飞廉。
飞廉是个飞毛腿，他的儿子恶来是个大力士，父子俩都成为商纣王的亲信。周武王灭商后，飞廉和恶来都被杀死。飞廉的小儿子季胜有个曾孙叫造父，是周穆王的驾车大夫，因平定徐偃王之乱有功，被封在赵城。这时恶来的后裔大骆也来归附造父，因造父得宠而沾光，被周穆王封在犬丘(今陕西兴平，一说今甘肃礼县)。大骆有个庶子叫非子，从小喜欢同牛羊打交道，长大后以善于畜牧而出名。他为周孝王在桃林(今陕西华山)养育良种马，马群繁殖很快。周孝王很高兴，就封他在秦谷(今甘肃天水西南部)，为附庸国(地位低于诸侯国)，并让他恢复了嬴姓，称之为秦嬴。非子的三世孙秦仲被周宣王任命为大夫。后秦仲被北方少数民族犬戎人杀死，但其长子最终击败了犬戎。到庄公之子秦襄公的时候，因秦襄公护周平王东迁(公元前770年)有功，秦国被升为诸侯国。襄公的儿子文公再度击退了犬戎，占有岐山以西妁广大地方。
秦始建国于雍(今陕西凤翔)，其后，国都多次迁徙，先后迁脚邑(今陕西洛川)、平阳邑(今陕西宝鸡)、雍(今陕西凤翔)、栎阳县(今陕西临潼)等地。后来，秦穆公横扫十二国，在西戎初步建立起霸业。但因战国初期经济较落后，又常发生内乱，国力逐渐衰落，被魏国攻取了河西一带(今北洛水和黄河之间)。秦孝公时任用商鞅进行变法，国力逐渐增强，并迁都咸阳(今陕西咸阳)，成为战国七雄之首。秦惠王时击败魏国，再振雄风，最终夺回河西，并一鼓作气，开疆辟土攻灭巴蜀之国，夺取楚国的汉中。秦昭王更是不断攻城掠地，使得魏、韩、赵、楚等国元气大伤。公元前227年秦王嬴政纵横捭阖，吞并四方，最终灭掉六国，统一天下，建立了中国历史上第一个大一统王朝。嬴政认为自己功高“三皇五帝”，故自称“始皇帝”。秦始皇建都咸阳，进一步统一了东南、西南地区。秦传了两代十二年，由于施政苛暴，于公元前206年被刘邦推翻，而代之以西汉王朝。秦王子婴被项羽所杀。秦灭后，王族子孙遂以国名为姓氏，称为秦氏。这便是陕西秦氏。
第二个渊源：源于姬姓，为周文王后代鲁国侯伯禽裔孙的封地秦邑，属于以居邑名为氏。
周武王时，其弟周公旦被封鲁(今山东曲阜)称鲁公。鲁公后因辅佐周王留在了周都，儿子伯禽接封鲁国，其裔孙中有一支食邑于秦(今河南范县旧城)。后以邑为氏。
西周最重要的政治组织形式是宗法制，它源于父权家长制家庭，其核心是“嫡长继承制”，即嫡长子为大宗，其余的儿子为小宗。如，最先一代的诸侯往往是王的兄弟，他们相对王来说是小宗，而他们的嫡长子又可继承诸侯位，别的儿子自然便为伯，相对侯位来说就是小宗，以此类推，层层分封。宗法制对姓氏的产生及演变影响深远。一般诸侯国国君的嫡长子继承其父当国君；国君的庶子，也称别子，无权继承君位，必须分出去自立一家，获得新氏，成为这一支(新氏)的始祖、这就是《礼记》中所说的“别子为祖”。这样往往别子开创一些新的姓氏，并由其嫡长子继承。源于姬姓的秦姓就是由周文王的别子周公旦之非嫡长后裔所开启，其承继并系如下：
据史籍《古今姓氏书辨证》记载，周武王在位时，把少暤(昊)之墟曲阜(今山东曲阜东北古城)赐分给他的弟弟周公旦，封他为鲁公。后来因周武王逝世时周成王尚年幼，不具独立执政之能力，于是周公旦为了辅佐成王，就让他的儿子伯禽(禽父)前去封地鲁国(今山东西南部，建都曲阜)。伯禽出发前，周公曾告诫他说：“我虽然是周文王的儿子，周武王的弟弟，周成王的叔父，说起来应该是地位显赫的，但我依然害怕怠慢天下有贤之士，往往一沐三捉发，一饭三吐哺。你现在去鲁国，一定要谨慎，不能因为是王室之后而骄躁。”伯禽到鲁国后，在周公的指点下，尽心治理，且在平叛“三监之乱”中起了重要的作用。鲁国呈现一派政清居安的景象。伯禽的裔孙以公族为大夫，食采于秦邑(今河南范县旧城)，其后人有以邑为姓者，称秦氏，郡望在太原郡。多数的史籍记载认为伯禽的后裔所开启的秦姓为秦姓正宗。如鲁国的秦非、燕国的秦开、楚国的秦商，均为鲁国秦氏后裔。这便是河南或山东秦氏之源。
第三个渊源：出自舜七支有秦不虚，后人沿续下来姓秦，属于以先祖名字为氏。
据史籍《群辅录》记载：“舜七友之一有秦不虚，曾并为雷泽之游一”。又据《大姓源流》等有关资料所载，舜七支有秦不虚，后人沿续下来姓秦。这说明上古帝舜时期已有秦姓。但因秦不虚之后无世系资料可考，所以，唐宋时期的谱牒学家对秦姓的起源又有以国为氏和邑为氏之说。
第四个渊源：源于巴尔虎旗蒙古穆奇德氏，属于汉化改姓为氏。
穆奇德氏祖上穆奇德·罗拔伙世居辽阳，隶属巴尔虎旗蒙古。巴尔虎旗蒙古原居喀尔喀地区，因遭受葛尔丹部族的迫害，率巴尔虎族万余人南下，游牧于今张家口一带。康熙三十一年(公元1692年)经清廷准议，全族移驻盛京(今辽宁沈阳北部)，其中一部分族人驻守丹东凤凰城、岫岩等地并独竖一旗，称蒙古九旗。清乾隆年间至凤凰城葛藤峪定居，后又迁居凤城镇，取汉字“秦”为氏。
金朝抹捻氏以及清朝穆颜氏，后有改为秦氏者。
另有各少数民族与汉族通婚繁衍，成为秦姓一支。
第五个渊源：源于外夷，出自古代大秦人(即罗马帝国)来华，属于汉化改姓为氏。
据史籍《后汉书》中记载：大秦“西海环其国，惟西北通陆道”，且“东西南北名数千里。有城四百余所。土中多金银奇宝，有夜光璧、明月珠、骇鸡犀、火浣布、珊瑚、琥珀、琉璃、琅玕、朱丹、青碧、珍怪之物”。另外一些地理类或野史杂记中，也多载大秦产珍奇异物之语。我国史籍所言的大秦其实指罗马帝国。通过丝绸之路，我国古代与大秦在经济、文化等诸多方面加强了交流。
东汉和帝永元九年(公元97年)班超奉命以甘英为使者，出使大秦。甘英一行从龟兹(今新疆库车)出发，经条支(今伊拉克)、安息(今伊朗)等国，至安息西界的波斯湾后，因海上天气剧变，浊浪滔天，难以行船未能到达大秦。公元166年大秦皇帝曾遣使带着许多礼物来到中国。晋武帝时大秦国再次遣使者来中国通好。在以后的诸代，中国与大秦国的交往更加密切，如唐朝的大秦景教流行中国碑的发现，更是名证。
大秦人或出使、或经商来到中国后，多因中国物饶民丰、山川秀美、文化高度发达而愿居留，不愿再回去。这些人依从汉人的风俗习惯，便以“秦”为姓。从此，子子孙孙一代代繁衍在中国。这些人就成为了秦姓的始祖之一。如三国时的商人秦纶等。古时西域及欧洲多称中国为秦，后来西方国家称中国为“支那”，即“秦”音的变化。